A szénbányászat miatt stratégiailag is kiemelt jelentőségű Pécsre a belgrádi aláírás másnapján, 14-én, csütörtökön érkeztek a szerb csapatok. A párizsi konferencia tárgyalásai alatt lassan egyértelművé vált, hogy a Délvidéket elcsatolják az országtól, a délszláv kormány azonban további területek megszerzésére törekedett. A sajtóban is arról cikkeztek, Baranyát elcsatolják Magyarországtól, bár néhány nappal később már csak annyit írtak, hogy a vármegye felét kapják meg a jugoszlávok. 1919. július 25-én jelölte ki a békekonferencia legfelsőbb tanácsa a végleges határokat, Baranya vármegye területének csak egy kisebb részét kívánták elcsatolni Magyarországtól. 1919. augusztus 19-én hivatalosan is értesítették a jugoszláv delegációt a magyar–jugoszláv határ baranyai szakaszának megvonásáról. A dokumentum a jelentős és gazdasági szempontból értékesebb baranyai területeket Pécs városával együtt Magyarországnak hagyta. Csakhogy a szerbek még ekkor sem tettek le a térség megszerzéséről.
Időközben Pécs valóságos kommunista gyülekezőhellyé változott, a megbukott Magyarországi Tanácsköztársaság hívei – Bécs mellett – innen próbálták újjászervezni erőiket. Noha a Szerb–Horvát–Szlovén Királyságban üldözték a kommunistákat, Baranyában inkább a szélsőbaloldali és radikális elemeknek kedveztek, mint a konzervatívoknak és keresztényszocialistáknak. Előbbiek például szabadon gyűlésezhettek, lapokat alapíthattak és terjeszthettek, utóbbiaknak ez tiltott volt. A megszálló csapatok parancsnoksága elnézte azt is, hogy a szakszervezetek 1920 februárjában politikai gyűléseket tartottak, amelyeken olyan kijelentések hangzottak el, hogy ők „egyek az orosz proletárokkal”. Amint Mályusz Elemér fogalmazott A vörös emigráció című könyvében: „elnézte, mert ugyanezek az emigránsok jóindulatának megnyerése végett nem késtek hangoztatni, hogy egy esetleges népszavazásnál inkább a »demokratikus« Jugoszláviára, mint a »reakciós« Magyarországra adnák le szavazatukat.”
A pécsi központúvá vált vörös emigráció 1920 augusztusának végén létrehozott egy ún. Nemzeti Tanácsot, amely önhatalmúlag saját magát nevezte ki a pécsi polgárság és munkásság, az egész helyi magyarság egyedüli képviselőjének. Törvényhatósági „választásokat” tartottak (ezen a polgárság és a munkásság tekintélyes része tiltakozásul nem vett részt), majd törvényhatósági bizottság alakult egy bizonyos Doktor Sándor vezetésével. A korábbi tisztségviselők elbocsátása után az addigi pozíciók csaknem kétszeresét töltötték fel emigránsokkal, köztük nagy számban exponált kommunistákkal. A megnövekedett bürokrácia eltartását a polgárságra kivetett óriási adókból kívánták fedezni. A bizottság Linder Bélát, Károlyi Mihály első – ittasan elmondott beszédei és az ország ütőképes haderejének lefegyverzése révén hírhedetté vált – hadügyminiszterét nevezte ki Pécs városának polgármesterévé, aki nem sokkal ezután kijelentette: mindenféle párizsi döntés ellenére nem engedi bevonulni a magyar hadsereget Pécsre és Baranyába.
Linder és Jászi Oszkár – aki ekkoriban a Bécsi Magyar Ujságban Lenint dicsőítette – memorandumot adtak át Belgrádban, amelyben kifejtették, Magyarországot csakis katonai megszállással lehet semlegesíteni, ami Jugoszláviának is érdeke, ők viszont magukra vállalnák a „kellemetlen feladatot”, ha a szerbek által megszállva tartott területek közigazgatását kézbe kapnák. Tehát ne adják át a pécsi területet Magyarországnak, hanem hozzanak létre önálló közigazgatási kerületet. 1920. november 18–23. között tárgyalásokat folytattak Belgrádban Nikola Pašić miniszterelnök részvételével. A jugoszláv kormány Jásziékénál mérsékeltebb álláspontra helyezkedett, többek közt hadsereg szervezésébe sem mentek bele – leginkább azért, mert egy vörös sereget magukra is veszélyesnek tartottak. Átvették viszont azt a kitételt, hogy Jugoszlávia „zálogként” kezeli a területet, és csak akkor hajlandó átadni Magyarországnak, ha az betartja a párizsi béke rendelkezéseit – mivel ez egybevágott annexiós törekvéseikkel. Későbbi tárgyalásokon Linder előterjesztette önkormányzati tervezetét, amely szerint a Pécs–bajai Autonóm Terület elszakadna az anyaországtól, a magyar törvények nem terjednének ki rá, de a jugoszláv jogszabályokat átvehetné. Jászi javaslata volt, hogy a jugoszláv valutát is bevezethetnék. Linder az utódállamok és az antant képviselőinél is kilincselt 1921 első felében memorandumával, a kisantant államok követei természetesen minden Magyarország ellen irányuló akcióban partnerek voltak, az angol, francia és olasz követ azonban nem is fogadta Lindert, a nagyhatalmak kitartottak Baranya kiürítése mellett.
A nagyhatalmak határozottan Jugoszlávia értésére adták, nem térhet ki a kiürítési parancs elől, így 1921. augusztus 18-án megkezdték a csapatkivonást. Ám még ezt megelőzően, a bécsi emigráció folyamatos, uszító propagandájának hatására augusztus 14-én Pécs főterén a „tömegek” nagygyűlésen a fegyveres ellenállás és a Baranya–bajai Szerb–Magyar Köztársaság kikiáltása mellett határoztak. A sajátságos, önmagát Jugoszlávia protektorátusa és az antant védelme alá helyező, hat napon át fennállott „államalakulat” intézőbizottságának elnöke Dobrovics Péter (Petar Dobrović), egy pécsi dekoratőr-festő lett – aki háromtagú küldöttséggel máris Belgrádba indult. Linder 19-én – életében utoljára – megjelent még Pécsett, csomagolni. Egy beszédet még elmondott a városháza erkélyéről, azt hangoztatva, nem lesz kiürítés. Majd távozott, hogy élete hátralévő részét Jugoszláviában töltse. Halála után, 1962-ben díszsírhelyet kapott a jugoszláv kommunista vezetéstől.
1921. augusztus 21-én, vasárnap már Gosztonyi Gyula magyar királyi kormánybiztos volt Baranya és Pécs közigazgatásának legfőbb ura. Este előbb tíz, majd még 108 magyar csendőr érkezett Pécsre, csákójukon a Szent Koronával ékesített magyar címer. Másnap, augusztus 22-én kora hajnaltól pedig a magyar nemzeti hadsereg kijelölt egységei lépték át az addigi demarkációs vonalat, és ujjongó, önfeledt tömegünneplés közepette megkezdték a magyar területek újbóli birtokbavételét.
