Az utóbbi években is tartja magát a szóbeszéd, amely szerint a gépet lelőtték, amiért arab csoportok számára fegyvereket szállított, vagy amiért azt feltételezték, hogy PFSZ tagok küldöttsége tartózkodott a fedélzeten (nem tartózkodott). Feltételezett támadók Szíria, illetve Izrael.
A katasztrófa előtti napokban a Palesztinai Felszabadítási Szervezet vezetői tisztségviselői Jasszer Arafat kivételével mindannyian Budapesten tartózkodtak hivatalos látogatáson a szervezet budapesti irodájának megnyitóján. Egyes elbeszélések szerint Magyarországon akkoriban titkos katonai felkészítést is kaphattak a szervezet aktivistái, akik a katasztrófa idején fellángoló libanoni polgárháborúban vállaltak volna szerepet. Megint mások azt gyanítják, hogy Magyarország titkos fegyverszállítmányt akart küldeni a térségbe, hiszen akkoriban Magyarország jelentős fegyvergyártási kapacitással rendelkezett. Ami biztosnak tűnik, hogy a jóval több mint 100 utast befogadására alkalmas gépen mindössze ötven utas tartózkodott a katasztrófa időpontjában. Tanúk elmondása szerint a gép indulása előtti napokban már nem lehetett rá jegyet váltani, továbbá az indulás napján többször is órákkal halasztották el a gép indulását. Ebből egyesek arra következtetnek, hogy a PFSZ tagok számára fenntartott helyekre valamiért nem érkeztek meg az utasok. Mások pedig azt gyanítják, hogy a raktérben elhelyezett nagy tömegű (feltételezésük szerint fegyver) rakomány miatt le kellett csökkenteni a fedélzeti utasok számát. Szemtanúk szerint a repülőgépet Budapesten az indulás előtt egy kimondottan félreeső helyen várakoztatták, amikor egy időre megszűnt a repülőtér kivilágítása. A repülőtér magyarázata szerint áramszünet okozta az üzemzavart, mások szerint ekkor rakodták a fegyvereket a gépre, megint mások szerint a magyar titkosszolgálat kívánta azt a látszatot kelteni, hogy a PFSZ tagok a sötétség leple alatt felszálltak a gépre.
2007. szeptember 27-én Szilvásy György a polgári titkosszolgálatokat akkor felügyelő tárca nélküli miniszter levelet írt Répássy Róbertnek (Fidesz) a Magyar Országgyűlés képviselőjének arról, hogy a Nemzetbiztonsági Hivatal 2003-ban két jelentést is készített a balesetről. A jelentéseket a miniszter úgy foglalta össze, hogy nem találhatóak korabeli (titkosszolgálati) dokumentumok az ügyre vonatkozóan. A 2003-as jelentéseket szigorúan titkosnak minősítették a légikataszrófával nem kapcsolatos egyéb tartalmuk miatt.
2009. január 6-án a katasztrófával kapcsolatban a hatóságok hallgatásának problémáját az Európai Bizottság elé terjesztették.
A katasztrófa után a tenger felszínén megtalált muzulmán áldozatokat a muzulmán vallási hagyományoknak megfelelően 24 órán belül eltemették. A megtalált nem muzulmán áldozatok nyughelye ismeretlen a hozzátartozók előtt. A katasztrófa után Budapesten felavattak ugyan egy emlékhelyet a Farkasréti temetőben, azonban nem biztosítottak lehetőséget a gyászoló hozzátartozóknak, hogy a különböző vallású áldozatokra az emlékhelynél vallási szertartásokkal emlékezzenek meg. Az emlékhelyet a baleset 30. évfordulóján felújították, továbbá az áldozatokra megemlékező gyászmisét is tartottak. A repülőgép roncsait 2009-ben sem kívánták a felszínre hozni, holott ennek műszaki feltételei már a katasztrófa idején is adottak lettek volna. A kiemelés utáni műszaki vizsgálat véget vethetett volna a baleset körülményeivel kapcsolatos több évtizedes találgatásnak. Magyarország Kormánya 2009-ben úgy döntött, hogy a gyászoló hozzátartozók részére áldozatonként 4 millió forintot fizet. Valószínűleg ez a történelem legnagyobb részletes nyilvános vizsgálat nélküli polgári légikatasztrófája.
