Az írott források 1332-ben említik először, amikor már jelentékeny helység lehetett, hiszen templomának papja, Mihály 15 régi banálist fizetett a pápai tizedszedőknek. Olyan összeget, melyet csak rangosabb települések adóztak abban az időben. Feltételezések szerint Szentgyörgy a városi rangot Zsigmond királytól kaphatta, de biztos írott forrásaink csak a 15. századból bizonyítják a település mezővárosi voltát. Sepsiszentgyörgy első lakóházai a Debren-patak mentén és a vártemplom közötti részen épültek, majd ettől délnyugati és délkeleti irányban bővült tovább a város.
A város régi Ópiaca - a mai Kálvin tér - felett északra, egy kiemelkedő terasz peremén magasodik a város egyetlen megmaradt középkori emléke, a vártemplom. Az egykori katolikus templom hívei a XVI. század közepén lutheránus hitre tértek át. 1570-1622-ig a templom gyülekezete unitárius volt, majd 1622-től református.
A mai épület helyén, 1332-ben már álló templomról keveset tudunk. A templom északi és déli falának külső felületén a vakolat alól festett szegélydíszek nyomai kerültek elő. Stílusuk alapján a környékbeli XIV. századi falképekkel rokoníthatók.
Feltehetően a korabeli ferences építészet új vívmányának, az egyhajós, hálóboltozattal fedett teremtemplomnak mintájára, a korábbi templomot 1547-ben Daczó Pál patrónus építtette át a saját költségén - ahogy arra a falkép-töredékek is utalnak, az északi és déli fal egy részének megtartásával. A patrónus személyéről és az építés idejéről az 1658-as és az 1661-es tatárdúlást követően kelt kéregető esperesi levélből tudunk. „Szomorúan említjük az alázatos instantiánkban a Sepsiszentgyörgyi Protestanta Ecclesianak romlását és abban az Isten házának pusztulását, mellyet épített volt maga költségével Isten dicsőségére in Anno 1547 a boldog emlékezetű Tekintetes Nemzetes Daczó Pál úr." ( A szöveget Orbán Balázs közölte.)
Az igen jelentős védművek ellenére, a tatárdúlásban a lakosság erőteljesen megfogyatkozott, és a templom is megsérült. A már idézett esperesi kéregető levél így számolt be az épület állapotáról: „...ne hadják nyakokba szakadni ez szép templomot, mely is belől egészen bolthajtásos, kívül cserepes; de már a boltok egy darabja a kőkar felett beszakadott, az cserepezése lehullott, meglyukadozott, szarufái és koszorúfái rothadoznak, szakadoznak..."
A templom XVII. századi helyreállításáról keveset tudunk. A hajó északi falának nyugati karzatról jól elérhető részén található grafitiken több évszám töredéke vehető ki. Közülük az 1687-es évszám jól kiolvasható. Több felismerhetetlen szövegtöredék áll az orgonakarzat mögött, a keleti falon.
A későbbi évszázadok folyamán több alkalommal földrengés rázta meg a templomot. Az 1728. és 1738. évi földmozgások rombolása súlyos volt ugyan, de a javítások során a templom stílusát nem változtatták. Az 1738-ban megsérült középső várfalat 1786-ban bontatta le az egyház. Köveiből épült II. József idején az egykori német iskola, a mai kántori lak.
A későbbi évszázadok folyamán több alkalommal földrengés rázta meg a templomot. Az 1728. és 1738. évi földmozgások rombolása súlyos volt ugyan, de a javítások során a templom stílusát nem változtatták. Az 1738-ban megsérült középső várfalat 1786-ban bontatta le az egyház. Köveiből épült II. József idején az egykori német iskola, a mai kántori lak.
Az 1802-ik esztendei nagy földrengés következtében a körítőfalak megmaradt részeit is nagy kár érte. Leomlott a templom 1761-ben újjáépült bejárati tornya és a templomhajó gótikus boltozata is. Az 1805-ben befejezett javítás során a hajó boltozatát nem építették újjá, hanem sík mennyezettel váltották fel. Erről a diadalív feletti falmezőben olvasható felirat tanúskodik: „Az 1802-ben Oktober 20-án történt erőss földindulás miatt, ezen minden ember emlékezetnél régibb templomboltozatja is leszakadozván stakaturára építetett." Az új torony 1829-ben készült el, jelenleg négy harangja van. Jelentős változás 1894-ben történt még az épületen, amikor Angster József pécsi orgonakészítő új orgonája számára karzatot építettek a templom keleti részébe. Ezáltal a templom egységes gótikus szentélye sokat veszített eredeti szépségéből.
A sok viszontagság ellenére, a vártemplom bástyás körítőfalával, a hozzá kapcsolódó épületekkel, kegyelettel gondozott régi sírokkal és a domboldalban elterülő református temetővel együtt a város egyik legértékesebb és legfestőibb műemlékegyüttese.